2008-2009 оны байдлаар төрийн өмчийн эрдэм шинжилгээний байгууллага 52, төрийн бус өмчийн 12, мөн 7 их сургууль эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажлын идэвхтэй үйл ажиллагаа явуулж, эдгээрт орон тооны 2,400 орчим хүн ажиллаж байгаагаас 1,600 орчим нь эрдэм шинжилгээний ажилтан байна. Мөн бусад их, дээд сургууль, эрдэм шинжилгээний бус байгууллагад болон хувиараа ажилладаг 1,000 гаруй багш, судлаачид эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажилд оролцож байна.

Салбарын бодлого зохицуулалт, түүний хэрэгжилт  Шинжлэх ухаан, технологийн үйл ажиллагааны эрх зүйн орчинг боловсронгуй болгох чиглэлээр сүүлийн жилүүдэд багагүй ажил хийж байна. Тухайлбал,  Шинжлэх ухаан, технологийн тухай хуулийн шинэчилсэн найруулга УИХ-аар батлуулсан нь Монгол Улсад шинжлэх ухаан, технологи, инновацийг хөгжүүлэх эрх зүйн үндсийг боловсронгуй болгоход бодитой хувь нэмэр боллоо. Уг хуульд инновацийн талаар анх удаа хуулийн зүйн тодорхойлолт өгч, үндэсний инновацийн тогтолцоог бүрдүүлэн хөгжүүлэх бодлогыг боловсруулан хэрэгжүүлэх бүрэн эрхийг Засгийн газарт олгож, улсын захиалгат шинжлэх ухаан, технологийн төслийн үр дүнг үйлдвэрлэлд нэвтрүүлэхэд захиалагчийн хүлээх хариуцлагыг тодорхой болгосон билээ. 

Энэ хуулийг хэрэгжүүлэх хүрээнд өнгөрсөн хугацаанд “Монгол Улсын Шинжлэх ухаан, технологийн тэргүүлэх чиглэл, цөм технологийг тодорхойлох журам”, “Шинжлэх ухаан, технологийн үндэсний зөвлөлийн дүрэм”, “Шинжлэх ухаан, технологийн сангийн дүрэм”, Шинжлэх ухаан, технологийн салбарын шагнал олгох журам”, “Шинжлэх ухаан, технологи, үйлдвэрлэлийн нэгдлийн үлгэрчилсэн дүрэм” “Эрдэм шинжилгээний ажилтны ёс зүйн дүрэм”, “Эрдэм шинжилгээний ажилтныг аттестатчилах журам” зэрэг 20 гаруй журам, дүрмийг боловсруулан мөрдүүлсэн нь салбарын эрх зүйн орчныг боловсронгуй болгох чухал алхам болов. 
Үүний зэрэгцээ шинжлэх ухаан, технологийг хөгжүүлэх бодлогын хэд хэдэн томоохон баримт бичиг  боловсруулан батлагдан хэрэгжиж байна.
 
Манай орны шинжлэх ухаан, технологийн чадавхийг бэхжүүлэх, үндэсний инновацийн тогтолцоог бүрдүүлэн хөгжүүлэх, боловсрол-шинжлэх ухаан-үйлдвэрлэлийн хамтын ажиллагааг сайжруулах эдийн засаг, эрх зүйн таатай орчныг бүрдүүлэх үндсэн дээр эдийн засгийн өсөлтийг хангах, өндөр технологид суурилсан аж үйлдвэрийг хөгжүүлэх, улмаар мэдлэгт суурилсан эдийн засгийн үндсийг тавих шинжлэх ухаан, технологийн стратегийн бодлого, үйл ажиллагааны чиглэлийг тодорхойлсон Монгол Улсын шинжлэх ухаан, технологийг 2007-2020 онд хөгжүүлэх Мастер төлөвлөгөөг Монгол Улсын Засгийн газар 2007 оны эцсээр батлан хэрэгжүүлж байна. 

Улс орны эдийн засгийн тогтвортой хөгжлийн үндсийг тавих, аж үйлдвэрийн салбарын өрсөлдөх чадвар, шинжлэх ухаан, технологийн үйл ажиллагааны үр ашгийг дээшлүүлэх, Монгол Улсын онцлогт тохирсон инновацийн үр ашигтай тогтолцоог бүрдүүлэн хөгжүүлэх талаар төр, засгаас тэргүүн ээлжинд авч хэрэгжүүлэх бодлого, зорилт, арга хэмжээг тодорхойлсон  Монгол Улсад Үндэсний инновацийн тогтолцоог 2008-2015 онд хөгжүүлэх хөтөлбөрийг батлан хэрэгжүүлж эхлээд байна. Энэ хөтөлбөр нь “Инновацийн тогтолцоог бүрдүүлэх”, “Дэвшилтэт технологийг хөгжүүлэх”, “Төрийн өмчийн их сургуулийн судалгаа боловсруулалтын ажлыг дэмжих”, “Залуу судлаачдыг бэлтгэх, дэмжих” гэсэн 4 дэд хөтөлбөрөөс бүрдэж байгаа болно. Эдгээр баримт бичиг нь Монгол Улсын үндэсний хөгжлийн цогц бодлогын салшгүй бүрэлдэхүүн хэсэг болж байгаа бөгөөд эдгээрийг амжилттай хэрэгжүүлбэл манай орны шинжлэх ухааны чадавхи бэхжиж, үр өгөөж нь дээшлэх төдийгүй эдийн засгийн хөгжилд томоохон хувь нэмэр оруулах үйлдвэрлэл, технологийн дэвшилд хүрэх юм.

Энэхүү мастер төлөвлөгөө, хөтөлбөрийн зорилтыг хангах чиглэлээр багагүй ажлыг эхлүүлээд байна. Инновацийн тухай, Инновацийн сангийн тухай хуулийн төсөл, үзэл баримтлалыг боловсруулж, Улсын Их Хуралд өргөн барихаар ажиллаж байна. Эдгээр хууль батлагдсанаар Монгол Улсад инновацийн тогтолцоог бүрдүүлэх, инновацийн үйл ажиллагаатай холбогдсон харилцааг зохицуулах эрх зүйн болон эдийн засгийн орчин бүрдэнэ. 
Мастер төлөвлөгөөнд тусгагдсан нэг чухал зорилт нь “эдийн засгийн бүтцийн өөрчлөлт, хөгжлийн хандлагатай уялдуулан шинжлэх ухаан, технологийн тэргүүлэх чиглэл, цөм технологиудыг тогтоож, түүнийг хэрэгжүүлэх тогтолцоог бүрдүүлэн хөгжүүлэх” юм. Энэ зорилт Засгийн газрын 2008-2012 онд хэрэгжүүлэх үйл ажиллагааны хөтөлбөрт ч  тусгалаа олсон бөгөөд удахгүй Засгийн газраар батлагдан хэрэгжиж эхлэх болно. Ингэснээр улс орны эдийн засгийн хөгжлийг түргэтгэх, өрсөлдөх чадварыг дээшлүүлэх, технологийн аюулгүй байдлыг хангахад цаашид баримтлах  ШУТ-ийн тэргүүлэх чиглэл, цөм технологи тодорхой болж, эрдэм шинжилгээний ажлыг нийгэм, эдийн засгийн хөгжлийн зорилтод нийцүүлэх, түүнд зарцуулж байгаа хөрөнгийн үр өгөөжийг дээшлүүлэх нөхцөл боломж бүрдэх юм.
Мөн эрдэм шинжилгээний ажлын захиалга, сонголтыг тэргүүлэх чиглэл, цөм технологийн жагсаалттай уялдуулах зарчмыг баримталж,  салбарын чадавхи, хөрөнгө хүчийг ч үүнд төвлөрүүлэх үүднээс “Шинжлэх ухаан, технологийн төсөл, сэдэвт ажлыг хэрэгжүүлэх журам”-ыг шинэчлэн боловсруулж Засгийн газраар батлууллаа. 
Инновацийн хөтөлбөрийн хэрэгжилтийн хүрээнд эрдэм шинжилгээний байгууллагын судалгаа, боловсруулалтын ажлын орчин, нөхцөлийг сайжруулах талаар ахиц гарлаа. Тухайлбал, ШУА-ийн Технологийн инкубаторын төв, Байгалийн шинжлэлийн нэгдсэн лаборатори, Мал аж ахуйн хүрээлэнгийн Өндөр бүтээмжтэй донор малын үр хөврө¬лийн лаборатори, тэжээлийн цех, ХААИС-ийн Экс¬тейншн төв, Малын гоц халдварт өвчний оношийн олон улсын зэрэглэлийн лабора¬тори, Хөдөө аж ахуйн технопарк, Биотехнологийн инкубатор, ШУТИС-ийн Нэхмэл материал судлалын хими-технологийн лаборатори, Хүнсний технологийн инкубатор зэрэг 20 шахам төв, инкубатор, лаборатори, цехийг эхний ээлжийн тоног төхөөрөмжөөр хангах арга хэмжээг хэрэгжүүллээ. 
Төсвийн санхүүжилт Сүүлийн жилүүдэд шинжлэх ухааны салбарын улсын төсвийн санхүүжилт тасралтгүй өсч ирсэн боловч ШУТ-ийн арга хэмжээнд зориулсан улсын төсвийн урсгал зардлын хэмжээг 2009 онд 14019.3 сая төгрөгөөр батлагдсан нь өмнөх онтой харьцуулахад 505,5 сая төгрөгөөр доогуур байна.